2019年中国知网影响因子年报数据显示，《湖南生态科学学报》2018年综合影响因子为0.326，同比去年上升46.8%；复合影响因子为0.494，同比去年上升30.7%；期刊影响力指数（CI值）为56.508，同比去年上升9.9%；基金论文比0.9, 同比去年上升23.3%；严重疑似学术不端文献（ALM）为0篇。

《湖南生态科学学报》从2014年创刊以来，在院党委、行政的高度重视下,学报编辑部全体人员坚持内涵发展，积极推进制度建设，邀约优质稿件，秉承一查三审三校制度，严把论文质量关，学报影响力逐年上升，已被多家数据库收录，在2017年与《万方数据-数字化期刊群》签订了新的收录协议，并被《中国核心期刊（遴选）数据库》收录时，《湖南生态科学学报》继续入选2019年《中国学术期刊影响因子年报》统计源期刊。